Kata Kalasey awalnya diambil dari bahasa Bantik yaitu Pinangalasey yang artinya dijadikan perisai, dan kata inilah yang kemudian dijadikan akar penyebutan tempat atau lokasi di wilayah Desa yang disebut Kalasey. Kata Kalasey sendiri memiliki arti patok-patok yang ditancapkan di tanah atau bawah air secara berjejer, rapat dan tegak yang bermakna sebagai pagar atau perisai untuk berlindung.

Menurut cerita berabad-abad yang lalu diantara kepulauan Talaud terdapat pulau Panimbulang yang didiami oeh suku Bantik. Mereka adalah perantauan dari daratan Minahasa dengan mata-pencaharian sebagai nelayan.suatu ketika pulau itu perlahan-lahan mulai tenggelam dan tertutup air laut. Kejadian ini membuat mereka harus berpindah tempat.

Setelah berhari-hari mengarungi lautan mereka tiba di Lambogan yang sekarang disebut Inobonto. Dari Lambogan perjalanan dilanjutkan ke arah Barat dan tibalah mereka disuatu daerah yang disebut Baluda. Setelah bertahun-tahun disana sebagian dari mereka berpindah kea rah timur dan singgah di Mandolang (Tanjung Mandolang) yang sekarang di wilayah Tateli. Di sana mereka hidup dengan bercocok tanam dan menangkap ikan dilaut sampai tiba pada waktunya sebagian dari mereka kemudian pindah lagi lebih ke Timur dan tiba di Pogidon sekarang Manado. Dari tempat tersebut kemudian mereka ke Malayang dan Kemudian Kalasey.

Pada Abad ke-18 (1703) dikirimlah dari malalayang 40 (empat puluh) orang prajurit pilihan, dibawah pimpinan panglima perang Tonaas Tumompasa. Mereka ditugaskan untuk menjaga Wilayah Barat Suku Bantik di Kalasey dari serangan musuh, terutama bajak laut dari Mangindanao.

Perkampungan pertama disebut Mala yang berarti Tanjung dan dihuni oleh orang-orang pilihan yang memiliki ilmu kekebalan (Matogosa). Kampung Mala dalam perkembangannya selanjutnya berubah menjadi Togas hingga sekarang ini.

Perkampungan ke dua adalah Kayu Manu. Kayu Manu adalah sebatang pohon besar tempat bertengger burung elang pada siang hari dan burung manguni pada malam hari. Pemimpin perkampungan ini adalah Loleng, Sohe, Ambei, Pinontoang, Damopilsa, Kapepehe dan Sindo.

Dari Kayu Manu, perkampungan dipindahkan lagi lebih ke barat hingga mencapai pinggiran sungai yang dalam bahasa Bantik disebut Akte Matibou atau dalam bahasa Tombulu disebut Ranorepet. Berpindahnya koloni masyarakat ini dipimpin oleh Pinontoang, yang selanjutnya nama daerah ini berkembang namanya menjadi Kalasey dengan Hukum Tua Pertama adalah Pinontoang.

Pada Abad ke-19 Kalasey dipisahkan dari Malalayang, dengan Hukum Tua masih tetap Pinontoang. Setelah meniggalnya Pinontoang, tampuk pimpinan desa digantikan oleh Tuhambi dan selanjutnya Petrus Tiraada.

Karena sering terjadinya konflik masyarakat antara Desa Kalasey dengan Tateli maka pemerintah Belanda membuat sekat penyanggah atau batas pagar desa diantara kedua desa, hal ini dimaksudkan guna meredakan dan mengantisipasi konflik yang terjadi.

Desa Kalasey resmi berdiri pada 1 oktober 1981. Oleh pemerintah dan masyarakat Ketetapan tersebut didasarkan pada pemahaman bahwa pada waktu itu kepemimpinan desa sudah dipegang oleh pemangku jabatan desa yang disebut Hukum Tua, sehingga status kelayakan berdirinya sebuah desa sudah terpenuhi.

Berdasarkan Surat Keputusasn (SK) Gubernur Sulawesi Utara Tahun 1983, Desa Kalasey dibagi dua, dan dimekarkan menjadi Desa Kalasey Satu sebagai Induk dan Desa Kalasey Dua sebagai desa pemekaran.